Tendo em conta o texto da Base III do novo Acordo Ortográfico, é necessário distinguir alguns grafemas consonânticos homófonos, ou seja, que têm o mesmo som; sendo assim, é preciso diferenciá-los quanto ao seu emprego, o que constitui, muitas vezes, um problema na escrita. Veja-se as seguintes situações:
Em primeiro lugar, apesar de terem o mesmo som, existe uma diferença gráfica entre ch e x, aplicando-se o grafema ch nas palavras achar bucha, capacho, capucho, chávena, chorar, colchão, colchete, estrebucha, facho, ficha, flecha, frincha, gancho, mancha, murchar, pachorra, rachar, sachar, tacho. O grafema x utiliza-se nas palavras ameixa, baixel, baixo, bexiga, coaxar, coxia, eixo, elixir, enxofre, faixa, feixe, madeixa, mexer, oxalá, praxe, rouxinol, vexar, xadrez, xarope, xenofobia, xerife, xícara.
O g, com valor de fricativa palatal, também se distingue do j, embora o g junto de e ou i tenha o mesmo som: adágio, alfageme, álgebra, algema, Algés, algibeira, Argel, estrangeiro, falange, ferrugem, gengiva, geringonça, Gibraltar, ginete, ginja, girafa, gíria, herege, relógio, Tânger, virgem. O j utiliza-se em palavras como adjetivo, ajeitar, enjeitar, granjear, hoje, intrujice, jejum, jeira, jeito, Jeová, Jeremias, Jerónimo, Jesus, jiboia, laranjeira, lojista, majestade, majestoso, manjerico, pegajento, rejeitar, sujeito, trejeito.
Devemos também distinguir graficamente as letras s, ss, c, ç e x, que representam sibilantes surdas. Deste modo, o s surge em palavras como ânsia, ascensão, cansar, farsa, ganso, imenso, mansão, manso, pretensão, seara, seda, Seia, Sertã, serralheiro, Singapura, Sintra, sisa, valsa. Com o mesmo som, o grafema ss, entre vogais, em palavras como, por exemplo, abadessa, amassar, arremessar, assar, atravessar, Cassandra, devassar, endossar, escasso, fosso, gesso, obsessão, pêssego, possesso, remessa, sossegar.
Junto de e ou i, o grafema c adquire a mesma fonia, em palavras como alicerce, cebola, cereal, Cernache, cetim, Cinfães, Escócia, Macedo, obcecar, percevejo. Quando está junto de outras vogais que não e ou i, o c passa a ser cedilhado para ter o mesmo som. Veja-se as seguintes palavras: açorda, açúcar, atenção, berço, Buçaco, dançar, Eça, enguiço, Gonçalves, inserção, linguiça, maçada, maçar, Moçambique, Monção, muçulmano, murça, negaça, pança, peça, Suíça, terço.
Apesar de ser um grafema distinto, o x tem a mesma fonia em palavras como auxílio, Maximiliano, máximo, próximo, sintaxe.